Die Johann-Sebastian-Bach-Stiftung wurde am 20. Mai 2011 in Eisenach als Stiftung der Neuen Bachgesellschaft e.V. gegründet. Sie fördert die Pflege und Verbreitung der Musik Johann Sebastian Bachs und trägt dazu bei, Leben, Werk und Nachwirken Bachs wissenschaftlich zu erschließen und den Menschen, insbesondere der Jugend, näher zu bringen. Außerdem unterstützt sie das Bachhaus Eisenach, das Museum der Neuen Bachgesellschaft, und trägt mit dafür Sorge, dass dessen Baulichkeiten auf Dauer erhalten bleiben und Ankäufe realisiert werden können.

Besonderes Augenmerk wird auf die Förderung des musikalischen Nachwuchses gelegt, wobei Aufführungen von geistlichen Kantaten unter Mitwirkung junger Musiker*innen ebenso im Fokus stehen wie die Durchführung von Bachakademien für Studierende in der Ukraine oder die Erstellung von Unterrichtsmaterialien zu Johann Sebastian Bach für die Klassenstufen 7-10.

Die Johann-Sebastian-Bach-Stiftung unterstützt vorwiegend die Projekte der Neuen Bachgesellschaft, entwickelt aber auch eigene Ideen und setzt diese um.