Der Verein wurde als Altonaer Fußball- und Cricketclub 1893 am 29. Juni 1893 von Gymnasiasten und jungen Kaufleuten gegründet. Im Jahr darauf sah er vom Cricket ab und nahm zum ersten Mal seinen heutigen, kürzeren Namen an.

„Altona 93“ (oder kurz „AFC“) ist einer der ältesten deutschen Fußballvereine. 1894 gehörte er zu den Gründern des Hamburg-Altonaer Fußball-Bundes und am 28. Januar 1900 in Leipzig in der Gaststätte „Mariengarten“ zu den 86 Vereinen, die den Deutschen Fußball-Bund gründeten. Bis 1904 war der aktive AFC-Spieler Franz Behr auch 2. DFB-Vorsitzender; Behr, der 1903 das erste Endspiel um die deutsche Fußballmeisterschaft gepfiffen hat, wurde zum Ehrenpräsidenten ernannt.

Ihre Glanzzeit hatte die Fußballmannschaft vor dem Ersten Weltkrieg, als sie in Serie Hamburg-Altonaer Meister wurde (1898–1900, 1902 und 1903), zudem 1903 und 1909 erst im Halb- sowie 1914 im Viertelfinale um die deutsche Meisterschaft scheiterte. Im zuletzt genannten Jahr gewann sie den Meistertitel in der erstmals gebildeten Norddeutschen Liga des NFV. Bis 1945 blieb Altona 93 in der jeweils höchsten Spielklasse.

Aktuell spielt die Ligamannschaft in der Oberliga Hamburg und plant mittelfristig sich in der Regionalliga Nord zu etablieren.

Seit 1909 nutzt der Verein die AFC-Kampfbahn an der Griegstraße, die 1944 nach dem 18-fachen National- und 51-fachen norddeutschen Auswahlspieler sowie dreifachen Gewinner des Kronprinzen- (1914, 1917) bzw. Bundespokals (1919), dem bekanntesten AFC-Akteur Adolf Jäger in Adolf-Jäger-Kampfbahn benannt wurde und heute ca. 5.000 Zuschauern Platz bietet.